La Bula“Romanus Pontifex”del Papa Pío XI, dada el 14 de abril de 1928, crea la Prelatura de Marajó y se entrega al cuidado pastoral de la Provincia Santo Tomás de Villanueva de la Orden de Agustinos Recoletos. 

En abril de 1930 Mons. Gregorio Alonso Aparicio OAR era nombrado Administrador Apostólico de la Prelatura y el día 19 de octubre del mismo año tomaba posesión oficial teniendo como compañero a Fr. Luis Atienza. Seis años después, en abril de 1936, se inaugura la casa prelaticia de Soure pasando a morar los misioneros en ella y el 19 de marzo de 1942 fue la inauguración oficial de la Iglesia Matriz de Soure. Mons. Alonso será Obispo Prelado de 1943 a 1965.

El primer centro misionero fue la parroquia Menino Deus de Soure. El segundo, sería en Breves cuando en 1940 Fr. José Soares sería nombrado párroco de SantŽAna de Breves, Menino Deus de Anajás, Ntra. Sra. de la Concepción de Afuá y San Antonio de Chaves. En 1946 se funda la casa de Afuá, tercer centro misionero, siendo Fr. Faustino Legarda el primer párroco. El cuarto centro misionero en 1949 la parroquia Ntra. Sra. de la Concepción de Salvaterra, atendiendo también Joannes y Monsarás, siendo párroco Fr. Zacarías Fernández. 

En 1963 se incorpora a la Prelatura la parroquia Ntra. Sra. de la Luz de Portel y San Miguel Arcángel de Melagaço y el 2 de febrero de 1965 se inaugura la casa parroquial de Portel siendo el primer párroco Fr. Máximo Calvo. Por último, en 1996, se incorpora a la Prelatura la parroquia Santa María de Bagre. En la actualidad, la Prelatura está formada por los municipios de Afuá, Anajás, Bagre, Breves, Chaves, Melgaço, Portel, Salvaterra y Soure, que es la sede de la Prelatura.

En mayo de 1965 Mons. Alonso renuncia al cargo de Obispo Prelado de Marajó y el día 6 del mayo del mismo año es nombrado nuevo Obispo Prelado Mons. Alquilio Álvarez OAR que el día 4 de julio de 1965 toma posesión oficial de la Prelatura de Marajó. El tercer Obispo Prelado será Mons. José Luis Azcona Hermoso OAR ordenado el 5 de abril de 1987 y en la actualidad obispo emérito. El Obispo Prelado actual es Mons. Evaristo Pascoal Spengler OFM que tomó posesión el 27 de agosto de 2016.

Hay que destacar otras presencias en la Prelatura como son las Agustinas Misioneras que llegan en 1959 y se hacen cargo del colegio “Stela Maris” de Soure y en 1966 del colegio “San Agustín” de Breves. En diciembre de 1994, llegan las Hermanas de la Caridad de Santa Ana a Breves y Anajás. Otras comunidades religiosas presentes en Breves, las hermanas de Notre Dame de Namour y las hermanas Oblatas del Cenáculo.

A partir de la década de los noventa del siglo pasado se van incorporando algunas nuevas comunidades al servicio evangelizador. Las Hijas de la Divina Gracia desde 1987 están en Soure y también estuvieron en Melgaço y Bagre. En marzo de 1996 llega a la ciudad de Chaves la Comunidad «Shalom». Posteriormente, otras nuevas comunidades se hacen presentes en la vida de la Prelatura: Comunidad Nueva Alianza en Soure, Fraternidad Misionera Juan Pablo II en Anajás, Comunidad Misión Marajó de la RCC en Breves, Fraternidad Misionera Ágape de la Cruz en Portel y el Instituto Misionero Marajó às Nações en Bagre.

En relación al clero diocesano hay que destacar que en Soure hace décadas funcionaba el Seminario Menor y que en 1991 comienza su andadura el Seminario Mayor «Mãe da Igreja» en Marituba. Asimismo, destacar que en este mismo año es ordenado sacerdote el diácono Sebastián Gonçalves, marajoara, que fue acolito de Mons. Alonso, profesor y colaborador de los obispos y misioneros. Por otra parte, el 19 de diciembre de 1999 es ordenado sacerdote en Portel el P. Antonio Neto, primer sacerdote formado en Marajó.